Оновлено ppdb: plant promoter database до версії 3.0
Матеріал з ІКБГІ
ppdb (plant promoter database) база даних рослинних промоторів, яка містить інформацію про сайти початку транскрипції (TSS), промоторні структури (TATA бокси, ініциатори, Y патчі, GA і CA елементи) та групи регуляторних елементів (REG) була оновлена до версії 3.0.
- були вкючені нові генотипи і тепер в базі є
- Arabidopsis thaliana,
- рис,
- Physcomitrella patens',
- тополя
- кількість TSS сайтів A. thaliana збільшено в 200 раз до 34 млн (порівняно з версією 1.0)
- додано анотації про імовірне фізіологічне призначення REG елементів
Сайт бази даних
Джерела
- Hieno, A. та інші ppdb: plant promoter database version 3.0. // Nucleic Acids Res - 2014, 42(1), D1188-D1192
- стаття у відкритому доступі