GAM
Матеріал з ІКБГІ
(відмінності між версіями)
(→Get, Align, MDS - GAM) |
(→Склад пакету) |
||
| Рядок 2: | Рядок 2: | ||
Designed & Coded: [[Volodymyr Duplij]] | Designed & Coded: [[Volodymyr Duplij]] | ||
| − | ==Склад пакету== | + | ===Склад пакету=== |
{| | {| | ||
|Назва файла | |Назва файла | ||
| Рядок 14: | Рядок 14: | ||
|get_seq_GB.pl | |get_seq_GB.pl | ||
|скрипт Perl | |скрипт Perl | ||
| − | | | + | |Скачування послідовностей з Генбанку |
|- | |- | ||
| − | | | + | |seq_aln.pl |
| + | |скрипт Perl | ||
| + | |Вирівнювання послідовностей | ||
| + | |- | ||
| + | |MDSgenera.r | ||
| + | |скрипт R | ||
| + | |Діаграма MDS виділення родів | ||
| + | |- | ||
| + | |MDSspecies.r | ||
| + | |скрипт R | ||
| + | |Діаграма MDS виділення видів | ||
| + | |- | ||
| + | |PrepMDS.pl | ||
| + | |скрипт Perl | ||
| + | |Підготовка даних для MDS | ||
| + | |- | ||
| + | |MDS-fun.r | ||
| + | |скрипт R | ||
| + | |Спільні функції скриптів R | ||
| + | |- | ||
| + | |MDSspecies.pl | ||
|скрипт Perl | |скрипт Perl | ||
| − | | | + | |Діаграма MDS з командного рядка |
|} | |} | ||
Версія за 10:00, 19 травня 2015
Get, Align, MDS - GAM
Designed & Coded: Volodymyr Duplij
Склад пакету
| Назва файла | Тип | Призначення |
| ggam.exe | бінарний | Графічний інтерфейс користувача |
| get_seq_GB.pl | скрипт Perl | Скачування послідовностей з Генбанку |
| seq_aln.pl | скрипт Perl | Вирівнювання послідовностей |
| MDSgenera.r | скрипт R | Діаграма MDS виділення родів |
| MDSspecies.r | скрипт R | Діаграма MDS виділення видів |
| PrepMDS.pl | скрипт Perl | Підготовка даних для MDS |
| MDS-fun.r | скрипт R | Спільні функції скриптів R |
| MDSspecies.pl | скрипт Perl | Діаграма MDS з командного рядка |
